Prestankom funkcionisanja jedinstvene organizacije Islamske zajednice u SFR Jugoslaviji i pravnog dejstva njenog Ustava, raspadom dotadašnje državne zajednice, Sabor Islamske zajednice u Crnoj Gori donosi 1994. godine svoj Ustav kojim potvrđuje kontinuitet organizacije Islamske zajednice Crne Gore u pravnim i organizacionim poslovima, kakav je imala i ranijim ustavima cjelovite Islamske zajednice, zadržavajući duhovno jedinstvo sa činiocima te zajednice. Islamska zajednica u Crnoj Gori svoje zadatke povjerava sopstvenim organima , ustanovama i službenicima. Organi Islamske zajednice su: Odbor islamske zajednice, ( ranije vakufsko mearifsko povjerenstvo ), Sabor islamske zajednice (Vakufski Sabor ) Mešihat Islamske zajednice (ranije Starješinstvo).U organe Islamske zajednice Crne Gore je i reis IZ-e, prema odredbama ovog Ustava. Službenici Islamske zajednici su : muftija, glavni imam, imam, hatib, vaiz, muallim-ma i mujezin. Na području ovog Mešihata postoji 13 odbora Islamske zajednice kao opštinskih organa uprave na svom području: Odbor Islamske zajednice Podgorica, Tuzi, Dinoša, Bar, Ostros, Ulcinj, Pljevlja, Bijelo Polje, Berane, Petnjica, Rožaje, Plav i Gusinje. Svaki Odbor ima i svoje džamijske, odnosno džematske odbore.
Islamska zajednica u Republici Crnoj Gori je jedinstvena vjerska zajednica koju sačinjavaju svi pripadnici islama u Republici Crnoj Gori, kao i njeni građani islamske vjere koji borave u inostranstvu. ( Čl. 1. Ustava Islamske zajednice u Crnoj Gori)
Islamska zajednica je autonomna u svom radu i samostalno upravlja i uređuje svoje poslove u skladu sa interesima islama i njenih pripadnika. ( Čl. 2. Ustava Islamske zajednice u Crnoj Gori).
Organi Islamske zajednice
Islamska zajednica izvršenje svojih zadataka povjerava sljedećim organima:
1. Odbor Islamske zajednice je osnovni organ Islamske zajednice na svom području. Njega sačinjava više džemata koji čine pomoćno tijelo Odbora. Glavno vjersko lice na području Odbora je Glavni imam. On se stara o svim pitanjima vjerskog života muslimana i ostalim potrebama Islamske zajednice na određenom području. Predsjednik Odbora predstavlja Odbor kod državnih organa i organizacija. Odbor ima status pravnog lica. Na području ovog Mešihata ima 13. odbora: Podgorica, Bijelo Polje, Pljevlja, Berane,Petnjica, Rožaje, Plav, Gusinje, Dinoša, Tuzi, Bar, Ostros i Ulcinj. Mandat članova traje četiri godine.
2. Sabor Islamske zajednice je najviše predstavničko tijelo Islamske zajednice u Crnoj Gori. Sjedište Sabora je u Podgorici. Sabor ima 22. člana koje biraju odbori, a predsjednika i dva potpredsjednika biraju izabrani članovi Sabora (Skupštine). U okviru svojih nadležnosti Sabor donosi Ustav Islamske zajednice, pravilnike i druge opšte akte, bira i razrješava članove Mešihata Islamske zajednice, donosi Pravilnik o izboru reisa, osniva ustanove Islamske zajednice, odlučuje o stupanju u širu zajednicu sa drugim Islamskim zajednicama i istupanju iz nje, donosi odluke o osnivanju, spajanju i ukidanju kao i izdvajanju odbora, određuje smjernice svih organa i ustanova Islamske zajednice.
3. Mešihat Islamske zajednice je izvršni organ sabora Islamske zajednice. Mešihat je najviši organ za vjerske, vjersko-prosvjetne, imovinske i druge poslove Islamske zajednice. Sjedište Mešihata je u Podgorici. Mešihat sačinjavaju reis Islamske zajednice i osam članova, koje bira Sabor. U svojim nadležnostima, kao izvršni organ Mešihat izvršava odluke Sabora, postavlja, premješta i razrješava glavne imame, muallime, vaize i mujezine, daje ovlašćenja ostalim licima za obavljanje vjerskih poslova, vrši nadzor nižih organa i ustanova i stara se o cjelokupnoj organizaciji vjerskog života na terenu i vrši nadzor nad radom odbora, vjerskih službenika, vjerskih škola, mekteba; donosi propise o radu nižih organa i ustanova Islamske zajednice i vjerskih službenika ; daje tumačenje o pojedinim vjerskim pitanjima, radi i druge poslove iz svoje nadležnosti.
4. Reis Islamske zajednice je najviši vjerski predstavnik, autoritet Islamske zajednice u Crnoj Gori. On predstavlja i zastupa Islamsku zajednicu u zemlji i inostranstvu, zastupa interese vjernika i Islamske zajednice kod državnih organa i organizacija i brine o šerijatskoj legitimnosti rada ustanova Islamske zajednice i drugim poslovima saglasno svome položaju. Reisa bira posebno izborno tijelo sa mandatom od četiri godine, uz mogućnost još jednog ponovnog izbora.